История создания самой кафедры ФЯВ ведет отсчет с 5 апреля 2000 года – именно тогда была организована ее предшественница — кафедра нейтронографии Отделения ядерной физики Физического факультета МГУ. Целью деятельности кафедры стала интеграция научной и образовательной деятельности Московского государственного университета и Объединенного института в области исследования строения вещества с использованием междисциплинарного подхода.
В дальнейшем амбициозные проекты ОИЯИ по строительству новых экспериментальных установок: NICA, DRIBs-III, Baikal-GVD и других, — а также выросшие масштабы научных задач ОИЯИ потребовали подготовки и привлечения большого числа молодых кадров. В связи с этим на кафедре была разработана новая программа специализации. В 2022 году кафедра существенно расширила спектр своих научных направлений и была преобразована в кафедру фундаментальных ядерных взаимодействий, которую возглавил директор ОИЯИ академик РАН Григорий Трубников.